故事讲述欠债父亲13年后再次现身，却已身患癌症，时日不多。直到父亲的告别仪式上，才从前来祭拜的人们口中了解真实的父亲。

　　幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代