革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞

1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有三位

1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。同时，街上出现了连续猎奇杀人事件

“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。”1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭

1999年2月，杀人鬼回来了！1995年在日本发生的连续猎奇杀人事件，因嫌疑人遇到车祸住院而草草结案。如今疯狂的犯罪再次出现，恐怖的气氛来袭，原嫌疑人的嫌疑被洗清，到底谁才是这一系列事件的凶手？解决都

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

19世纪的英国，名门贵族凡多姆海威家的执事塞巴斯蒂安·米卡利斯跟随着13岁的主人夏尔·凡多姆海威作为“女王的番犬”每天都背负着黑社会的肮脏工作。有天，在一次煞有介事的私语中他们得知了关于「死者复生」的

1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。